鑒於國內工程爭議事涉專業且類型複雜，實務上訴諸法院之工程糾紛案件日益增多，訴訟程序漫長，難以符合國內營造產業即時解決工程爭議之需求。司法院第一個「民事工程專業法庭」，已於99年9月1日正式掛牌上路，審理有關土木、建築工程及相關業務所產生的工程糾紛民事訴訟案，包括工程款請求、損害賠償請求、保固責任及鄰房損害等。
司法院目前有少年法院、智財法院兩個專業法院，其中少年法院於民國88年設立，獨立於普通法院外，是處理少年案件的特設機構，具有嚴密的組織體系。於層級上，少年法院與地方法院同等級，專業法院與其他設立於一般法院下的少年法庭有巨大之差別，從組織上來說，少年法院設有調查保護處，少年調保官有專業分組，每組各司其職，在分組辦事下，不論調查或保護業務都更有效率與專業。智財法院設立於民國97年，係因智慧財產權已成為促進國家產業升級及經濟發展之利器，設立智慧財產專業法院之國際趨勢已形成，為促進我國科技與經濟發展，提昇國家競爭力，須設立專業法院，由專業司法人員處理智慧財產相關案件，以收妥適審理之功效。衡諸專業法院之效能，司法院宜增設營建工程法院，以提升工程裁判效能。
根據司法院今年二月統計資料顯示，台北地院工程專業法庭，受理冠以「建」字的七大類營造與建設等工程案件，其審理終結案件比率為61.01％，上訴折服率58.93％，提出上訴的比率低於5％，呈現速審速結的成效。但是審理終結案件比率約為六成，顯示營建工程訴訟仍然存有諸如證據蒐集手段欠缺，舉證困難，或司法人員專業知識不足、過度依賴鑑定結果及訴訟延宕等缺點，未能符合社會期待。為改善營建產業訴訟程序，加速釐清權益歸屬、有效提升救濟機能，設置工程專業法院，嚴密其組織體系，提升工程裁判品質與效率，有其宏觀發展的必要性。
因應法院、法庭專業化，司法院近五年來積極推動法官專業化及法院專業化之期盼，加強法官專業訓練，落實專業法庭、增加專業人力等方向來發展。工程專業法院之重要影響因素，包括法官的養成與遴選、專業法院對律師的訓練，以及專門的法律訓練與對各項專業知識的深入瞭解,是訴訟當事人對於法官正義之手之最大的期待。
法官其實很難真正在特定領域有足夠的專業，而真正作為裁判依據的，不是專業判斷，而是價值判斷。法院專業化已經是國際的潮流趨勢，司法院已經跨出第一步，設置「民事工程專業法庭」的司法改革，但期盼以國家長遠發展的基礎上，應更慎密轉型為工程專業法院，健全營建產業發展的生命力。
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